Siento no poder darte buenas noticias, porque mi experiencia no fué nada agradable. Lo primero que te aconsejaria es que des de baja el vehículo, puesto que es muy posible que esté circulando por ahí. Deduzco que cuando lo llevaste al desguace no te hicieron ningún recibo, por lo que dificilmente te hagan caso en ninuna instancia y también es muy posible que te lleguen otros impuestos y no descartes alguna multa. Si se trata solo del impuesto de circulación debes ir al Ayuntamiento y presentar tu caso.
Te aconsejaria después de ir al Ayuntamiento y enterarte de la orden de embargo a que obedece (cuantos años de impuesto),y ver si hay más cosas pendientes, que pidieras consejo a un abogado.
Sopesar los posibles costos, porque a lo mejor te sale más caro que pagar ( aunque sea injusto).
A mi me pasó parecido, deje el coche en el concesionario al comprar uno nuevo y cuando lo vendieron no cambiaron el nombre, al principio cuando me venia el recibo tenia que ir a reclamarlo y lo pagaban pero al cabo de un tiempo me dijeron que lo habian dado de baja.
Sin embargo al cabo de un tiempo me llegó una multa de tráfico y a pesar de las reclamaciones tuve que pagarla e inmediatamente dí el coche de baja " por robo del vehículo y documentación".
Saludos