Buenas, el barco lo tengo en el pantano asi que no podré comprobar si el agua es salada o dulce. De todos modos muchas gracias por las respuestas, me ha dado ideas para comprobar de donde entra el agua.
La problemática va a mas, ya que cuando esta con la lona puesta se que no le entra mucho agua pero he estado mucho tiempo dudando como puede aparecer agua con o sin lona y creo que el problema es que la espuma del doble casco ha absorbido el agua y cuando retiro el agua con la bomba, a lo largo del tiempo la espuma escupe el agua absorbido y ha sido un quebradero de cabeza.
De todos modos voy a retirar la consola central, usar la silicona que me habéis recomendado y probar con agua con colorante para ver si el problema sigue o se soluciona.
Muchas gracias por las respuestas y por vuestro tiempo! Un saludo!